Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 121 Tahun 2020 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kemantren dan Kelurahan, maka  kelurahan berkedudukan :

1. Kelurahan merupakan perangkat Kemantren.
2. Kelurahan dipimpin oleh Lurah yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Mantri Pamong Praja.

Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, Kelurahan Prawirodirjan mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :

Susunan organisasi Kelurahan Prawirodirjan, terdiri dari  : 

1. Lurah
2. Sekretariat
3. Seksi Pemerintahan Ketentraman dan Ketertiban
4. Seksi Perekonomian dan Pembangunan
5. Seksi Pemberdayaan Masyarakat.